Optimale diagnostiek door gebruik innovatieve detectie methoden

Optimale diagnostiek door gebruik innovatieve detectie methoden

Organisatie-onderdeel

WR-cap TU

Projectcode

1605-029

MMIP

Landbouw, Water, Voedsel>A. Kringlooplandbouw>A2. Gezonde, robuuste bodem en teeltsystemen gebaseerd op agro-ecologie en zonder schadelijke emissies naar grond- en oppervlaktewater

Startdatum

01/01/17

Einddatum

31/12/20

Samenvatting

De afgelopen jaren zijn er voor vroegtijdige detectie van quarantaine- en kwaliteitsorganismen binnen het PPS project Diagnostiek Q- en K, met name op het gebied van Next Generation Sequencing (NGS), grote stappen gezet om innovatieve onderzoeksmethoden te ontwikkelen. Ontwikkelingen op dit gebied blijven elkaar in hoog tempo opvolgen en het is daarom belangrijk om te blijven innoveren op dit gebied. Zoals in de afgelopen jaren is gebleken leidt de stroom van DNA en RNA data tot nieuwe fundamentele vragen op het gebied van diagnostiek en detectie. Kunnen we vanuit deze sequentie data snel en efficiënt toetsen ontwikkelen? Kunnen we de genoom diversiteit van pathogenen in kaart brengen vanuit praktijk monsters? Kunnen we genomische regio’s of genen identificeren die gekoppeld zijn aan een bepaalde functie/virulentie. Deze vragen liggen op het gebied van de interpretatie van de miljoenen sequenties, de efficiënte automatisering (ook voor keuringsdiensten en de NVWA), en de validatie van NGS methodes voor gebruik als diagnostisch platform. Dit vergt ontwikkeling van data-analyse protocollen en een infrastructuur die bruikbaar is voor de keuringsdiensten en NVWA.

Doel van het project

Voor gezonde, robuuste bodem en teeltsystemen is schoon uitgangsmateriaal dat vrij is van ziekteverwekkers van groot belang. Dit voorkomt de verspreiding van ziekteverwekkers en de noodzaak tot het gebruik van interventie strategieën met mogelijk schadelijke emissies naar grond- en oppervlaktewater. De ontwikkeling van geschikte toetsen en protocollen om op basis van hele genoomsequenties ziekteverwekkers goed en snel te kunnen detecteren levert een belangrijke bijdrage aan de missie om plantaardig materiaal schoon te houden in de gehele productie- en handelsketen.

Relatie met missie (Motivatie)

Voor het toetsen van uitgangsmateriaal en plataardige producten is het hebben van up-to-date technologieen om ziekteverwekkers snel en goed te kunnen detecteren belangrijk. NGS strategieen leveren een steeds beter beeld van deze ziekteverwekkers. In dit project wordt fundamenteel onderzoek verricht op twee kennisgebieden :
- Ketenbrede diagnostische strategieen met de surveys. Hoe kunnen monsters die uit surveys van de keuringsdiensten komen zo efficient mogelijk geanalyseerd worden met NGS.
- PanGenomics: het beter inzicht verkrijgen met betrekking tot genetische diversiteit en de relatie tussen genoom en fenotype. Vele genoomsequenties worden met bioinformatica tools tegelijk geanalyseerd om ook functionele eigenschappen van de ziekteverwekkers te koppelen aan genetische eigenschappen (genen)