Understanding polyploidisation process and genome complexity hexaploid chrysanthemum

Understanding polyploidisation process and genome complexity hexaploid chrysanthemum

Organisatie-onderdeel

WR-cap TU

Projectcode

1605-114

MMIP

Landbouw, Water, Voedsel>Sleuteltechnologieën LWV>Biotechnologie en Veredeling

Startdatum

01/01/17

Einddatum

31/12/21

Samenvatting

Het doel van het project is om beter te begrijpen hoe het genoom van hexaploide chrysant in elkaar zit. Belangrijk onderdeel daarbij is het sequencen van het genoom van een diploide wilde chrysant C. makinoi welke als één van de voorouders van de moderne hexaploide cultivars wordt beschouwd. Naast deze hoge kwaliteit genoom sequentie worden ook van andere diploide en tetraploide soorten en van een aantal rassen middels re-sequencing data verzameld. De basis variatie gevonden in de wilde soorten wordt gebruikt om hun bijdrage in de hexaploide chrysant te schatten en om ons begrip van het hexaploide genoom en het polyploidisatie proces te vergroten.

Doel van het project

Het kunnen beschikken over een genoomsequentie is een belangrijke stap voor veredeling van een soort omdat het inzicht geeft in kandidaat genen voor eigenschappen en zowel forward als reverse genetics op belangrijke eigenschappen versnelt. Ook copy nummer variatie speelt een belangrijke rol speelt in allerlei eigenschappen waardoor ook het begrijpen van de complexiteit van hexaploide genoom van groot belang is.
Dit soort informatie levert mogelijkheden waardoor de veredeling zich sneller kan aanpassen aan doelen die vanuit overheid en samenleving worden gesteld.

Relatie met missie (Motivatie)

Vanuit genoom sequentie komen de tools om biotechnologie en veredeling efficienter te kunnen doen.

Geplande acties

Beoogde resultaten 2020
• Verbeteren genoom assembly tot beperkt aantal super scaffolds die geordend per
chromosoom en georienteerd tov van elkaar zijn.